新生兒破傷風是嚴重威脅新生兒健康乃至生命的傳染性疾病，在許多發展中國家，新生兒破傷風是造成嬰兒死亡的重要原因之一。部分患兒可由於缺氧、窒息、繼發感染而死亡。嚴重缺氧可致腦細胞缺氧壞死，存活者智力會受到一定的影響。
判斷本病的嚴重程度，主要根據以下各點：
1.潛伏期的長短 潛伏期短，說明細菌的毒力強，產生的毒素多，故病情重。潛伏期短於6天者，預後多較嚴重;有資料表明，潛伏期短於6天者，其病死率為44.4%(11/25)，而潛伏期長於6天者，病死率僅為20%(4/20)，一般認為，潛伏期長於10天者，大多數能夠治癒。
2.抽搐發生的時限 指開始發病至抽搐的時限。這個時限越短，病情越重，時限在24h內與長於24h，其病死率有顯著性差異。3.抽搐的頻率及程度 這是判斷嚴重性最主要的指標。抽搐越頻，每次抽搐持續時間越長，病情越嚴重。
4.呼吸窘迫及發紺 嚴重破傷風病人，除頻發抽搐外，往往有呼吸窘迫及發紺反覆出現。產生呼吸窘迫及發紺的原因，大概與以下幾個因素有關：呼吸肌及腹壁肌痙攣、喉肌痙攣、胃內容物反流阻塞呼吸道、喉頭分泌物過多、嚴重抽搐引起腦缺氧、過量的鎮靜藥抑制呼吸中樞和肺部感染等。呼吸窘迫與抽搐互為因果，在嚴重病例，二者成為惡性循環，故有此症狀者多屬嚴重病例。
5.發熱的高低 有高熱者，除合併感染外，還與嚴重抽搐或反覆窒息有關。故有高熱者，亦屬嚴重病例。
6.有無併發症 嚴重病例多有併發症存在。特別是肺部感染，是造成死亡的主要原因，應積極搶救。
雖然新生兒破傷風病死率很高，但掌握治療原則，採用綜合療法，如能度過危險期(起病後10天左右)，則大多數病例可以治癒。由於本病的自限性，破傷風毒素與神經細胞的結合是暫時的，可以恢復的，因此可望痊癒而不致產生後遺症。完全恢復需2～3個月。
