一是使用農藥對作物的直接汙染。農田施藥後,藥劑可能粘附作物表皮,也可能滲透到作物組織內部並輸送到全株,經過一定時間,這些農藥將逐漸被降解消失。但如果藥劑性能穩定,即可長期殘留在植物體內。滲透強的不僅殘留量大,汙染程度也很大,可直達果實內層。用藥次數多、用藥量大或用藥間隔時間短,產品殘留量就會增大。
二是作物從汙染環境中對農藥的吸收。在農田施藥過程中,直接降落在作物上的藥量只佔一小部分,大部分則散落在土壤中,或漂移到空氣裡,或被水流沖刷到塘、湖和河流中,造成了嚴重的環境汙染,有些農藥在土壤中殘存幾年甚至十幾年,作物從根部吸收或葉片代謝吸收空氣中殘留的藥劑或被汙染的水源灌溉作物,都會引起農藥殘留量增大。
三是由於食物鏈的作用農藥在生物體內聚集。畜禽魚類體內農藥殘留主要是取食大量被農藥汙染的飼料,造成體內農藥聚集。