抽羊水的風險是很小的。文獻報告顯示，抽羊水的失敗率僅為0.5%—1%。也有研究已經表明，抽羊水後的胎兒流產率，與未做此項檢查的胎兒流產率也沒有明顯差異。為了提高安全性，一般做這項檢查前，也增加了超聲波對胎兒和胎盤的定位項目，必要時還要在超聲波監測下進行。
醫生建議，抽羊水最佳的時間應該選在妊娠期的17—20周之間進行，因為這個時候胎兒小，而羊水相對較多，胎兒可以在羊水中自動漂浮。這個時候用針刺穿母體腹壁，不易刺傷胎兒，抽取羊水量為15—20ml，只佔羊水量總量的1/15左右，不會引起子宮驟然變小而導致流產。而且這個時期還有個好處是羊水中的活力細胞比例是最大的。
因此綜合各種情況來說，它對胎兒的生長環境不會造成影響，導致流產的可能性很小。
