一、藥物治療
1、對症治療：對於那些症狀較輕，僅要求緩解痛經症狀，尤其是近絕經期的患者，可以選擇在痛經時予以非甾體抗炎藥對症處理。因為異位的子宮內膜在絕經後會逐漸萎縮，所以此類患者在絕經後病痛就會得到解除而不需手術治療。
2、假絕經療法：GnRHa注射可以使體內的激素水平達到絕經的狀態，從而使異位的子宮內膜逐漸萎縮而起到治療的作用。此方法又稱為“藥物性卵巢切除”或“藥物性垂體切除”。
3、假孕療法：部分學者認為口服避孕藥物或孕激素可以使異位的子宮內膜蛻膜化和萎縮而起到控制子宮腺肌病發展的作用，但也有部分學者認為子宮腺肌病異位的子宮內膜大多為基底層的子宮內膜，它們對孕激素不敏感。所以孕激素治療子宮腺肌病的效果尚存在爭議。
二、手術治療
包括根治手術和保守手術。根治手術即為子宮切除術，保守手術包括腺肌病病灶(腺肌瘤)切除術、子宮內膜及肌層切除術、子宮肌層電凝術、子宮動脈阻斷術以及骶前神經切除術和骶骨神經切除術等。
1、子宮切除術：用於患者無生育要求，且病變廣泛，症狀嚴重，保守治療無效。而且，為避免殘留病灶，以全子宮切除為首選，一般不主張部分子宮切除。
2、子宮腺肌病病灶切除術：適用於有生育要求或年輕的患者。因為子宮腺肌病往往病灶瀰漫並且與子宮正常肌肉組織界限不清，因此如何選擇切除的方式以減少出血、殘留並利於術後妊娠是一個很困惑的問題。不同學者有不同的方案，目前並沒有一個統一的術式。
三、介入治療
近年來，隨著介入治療技術的不斷進步。選擇性子宮動脈栓塞術也可以作為治療子宮腺肌病的方案之一。其作用機制有：
1、異位子宮內膜壞死，分泌前列腺素減少，緩解痛經。
2、栓塞後子宮體變軟，體積和宮腔內膜面積縮小，減少月經量。
3、子宮體積不斷縮小和平滑肌收縮，阻斷引起內膜異位的微小通道，降低複發率。
4、局部雌激素水平和受體數量下降。
5、在位內膜側支循環的建立，可由基底層逐漸移行生長恢復功能。
