拐棗具有醫用價值，可治療多種疾病。其果梗、果實、種子、葉及根等均可入藥，中藥稱其果實為枳棋子。其藥用最早見於《唐本草》。李時珍《本草綱目》說它“味甘、性平、無毒，有止渴除煩，去膈上熱，潤五臟，利大小便，功同蜂蜜”，是糖尿病患者的理想果品。“其枝、葉，止嘔逆，解酒毒，闢蟲毒”。
拐棗果梗釀製的“拐棗白酒”，性熱，有活血、散瘀、去溼、平喘等功效。民間常用拐棗酒泡藥或直接用於醫治風溼麻木和跌打損傷等症。特別是對地下、井下、水下、潮溼環境下從事工作和勞動的人，更具有保健作用。在中醫上，其種子、木質入藥，有清熱、利尿、解酒毒之功效。古書中對其解酒毒，有很多趣聞記載。陸璣《疏義》雲：“……昔有南人修舍用此木，誤落一片入酒甕中，酒化為水也”。
元代《本草衍義補遺》中記有：“一男子年三十餘，因飲酒發熱，又兼房勞虛乏。乃服補氣血之藥，加葛根以解酒毒。微汗出，人反懈怠，熱如故。此乃氣血虛，不禁葛根之散也。必須雞距子解其毒，遂煎藥中加而服之，乃愈”。《本草綱目》中也記有：“枳椇，《本草》只言木能敗酒，而丹溪朱氏治酒病往往用其實，其功當亦同也。
按《蘇東坡集》雲：眉山揭潁臣病消渴，日飲水數鬥，飯亦倍常，小便頻數。服消渴藥愈年，疾日甚，自度必死。予令延蜀醫張肱診之。笑曰：君幾誤死。乃取麝香當門子以酒濡溼，作十許丸，用棘枸子(枳椇子)煎湯服之，遂愈。問其故。肱曰：消渴消中皆脾弱腎敗，土不制水而成疾。
今穎臣脾脈極熱而腎氣不衰，當由果實、酒物過度，積熱在脾，所以食多而飲水。水飯既多，溺不得不多，非消非渴也。麝香能解酒果花木毒。棘枸亦勝酒，屋外有此木，屋內釀酒多不佳。故此二物為藥，以去其酒果之毒也”。其木汁入藥，可治狐臭。
《本草綱目》載有一例雲：“用橘枸樹(即拐棗)鑿孔，取汁一二碗，用青木香、東桃、西柳、七姓婦人乳，一處煎一二沸。就熱，於五月五日雞叫時洗了，將水放在十字路口，速回勿顧，即愈”。此說帶有迷信色彩，可能有些玄虛。
拐棗的果梗，除鮮食外，可用作釀酒、制醋、製糖的原料。可作果露、香檳、汽酒、汽水等飲料。還可加工成罐頭、蜜餞、果脯、果乾等。採用先進工藝，進行深加工，可製成方便飲料——拐棗晶。拐棗飲料等產品，不僅可內銷，還可出口，頗受消費者青睞，很有發展前途。
