益生元種類很多，有低聚糖，多糖，植物中草藥提取物，蛋白質水解物，多元醇等等，大量生產商品化的主要是一些有雙歧因子功能的低聚糖。低聚糖是由2～10個單糖分子脫水縮合而成的碳水化合物，因糖的組成和結構不同而有不同的理化性質和生理功能。
與一般可消化低聚糖不同，作為益生元的功能性低聚糖(也叫雙歧因子)因食後不被消化可完整地進入大腸，而被大腸中雙歧桿菌選擇性利用發酵生成有機酸，而被人體吸收間接作為能源來利用，故食後血糖不會升高，熱值只有可消化糖的40%，也不被口腔中齲齒菌突變鏈球菌利用，不引起蛀牙，甜度為蔗糖的30%～60%，有些功能性低聚糖的理化性質與蔗糖相似，故可代替砂糖用於食品製造，以調節甜度、粘度、冰點，改善食品口感與保溼性、水活度等，並增加其保健功能。
