治療原則為建立不利於厭氧菌生長繁殖的環境(包括外科治療)和抗菌藥物治療。對少數產外毒素的厭氧菌感染如破傷風、肉毒桿菌食物中毒，宜同時應用抗毒素。對嚴重感染患者應加強支持療法、酌情輸血漿或全血，積極治療原發疾病。
1.破壞厭氧環境 包括局部病灶的切開引流、壞死組織或無效腔的清除、明顯腫脹伴氣體形成病變組織的減壓，以及並存的惡性腫瘤、異物、梗阻、血栓的去除等。為控制感染擴散和減輕毒血癥，必要時施行截肢、子宮切除等手術。而對抗菌藥物治療效果良好的肝膿腫、無明顯囊壁的腦膿腫、輸卵管附件膿腫等不一定作切開引流。淺表厭氧菌感染局部可用過氧化氫溶液沖洗。高壓氧治療適用於氣性壞疽病例。
2.抗菌治療 抗菌藥物的選用應根據細菌培養及藥物敏感度(藥敏)試驗測定結果。但由於厭氧菌培養和藥敏試驗需一定條件和時間，在臨床上常在獲得實驗室結果之前醫生已作出厭氧菌治療的重要決定，故國際臨床實驗室厭氧菌藥敏試驗標準化工作組委員會認為厭氧菌的藥物敏感試驗不應列為常規，只有在以下幾種情況下例外：①確定新抗菌藥物的抗菌活性;②監測不同地區厭氧菌對常用抗菌藥物抗菌活性的差異;③在某些特殊感染中如厭氧菌腦膿腫、心內膜炎、骨關節感染、難治性複發性菌血症等作為治療藥物選擇的指導。除了藥敏結果外，還需考慮的其他因素包括：藥物的殺菌活性、體內分佈特點、抗菌譜(除厭氧菌外的)、藥物的毒性、對正常菌群的影響和價格等。厭氧菌感染抗菌藥物的選擇可根據感染部位的不同作出初步的推斷，一般橫膈上下厭氧菌感染的致病菌有較大差別;膈以上包括中樞神經系統、頭頸部和胸膜肺部，致病菌(除類桿菌能產生β-內酰胺酶外)對青黴素類大多敏感;膈以下的厭氧菌感染如腹腔內和女性生殖道感染，脆弱類桿菌為常見致病菌，抗菌藥物的選擇需特殊考慮。由於厭氧菌感染常表現為混合感染，由多種細菌包括厭氧菌與厭氧菌，厭氧菌與需氧菌(或兼性菌)引起，應採用多種藥物聯合治療。在膿腫和壞死組織中，藥物往往難以達到理想的濃度，所以可應用其最大推薦劑量。此外，抗菌藥物的療程宜長以免感染復發。常用的抗厭氧菌藥物分別介紹如下。
(1)甲硝唑：為殺菌劑，對類桿菌、梭桿菌、梭菌和大多數厭氧球菌具有極強的抗菌活性。厭氧菌的低氧化-還原電勢能還原甲硝唑的硝基，產生細胞毒物質抑制細菌DNA 的合成，促使細菌死亡。甲硝唑被還原的中間產物對氧十分敏感，在有氧環境易失活，故只對厭氧菌發揮作用，對微需氧菌的作用不穩定，對兼性菌和需氧菌則無效。在臨床應用中，甲硝唑對腹腔內感染、女性盆腔感染、腦膿腫和厭氧菌骨髓炎等常有良好療效。某些胸膜肺部感染療效較差，可能與微需氧菌混合感染有關。厭氧球菌對甲硝唑亦較敏感。甲硝唑濃度為≤8mg/L 時，能抑制95%的脆弱類桿菌和幾乎所有產黑素普氏菌;濃度為≤2mg /L 時，對厭氧芽孢梭菌有抑制作用;濃度為≤1mg/L 時可抑制梭桿菌。微需氧鏈球菌、放線菌屬、乳酸桿菌、短棒菌苗對甲硝唑大多耐藥。甲硝唑的給藥途徑與劑量：靜脈滴注7.5mg/kg 體重，1 次/6h，1 天量不能超過4g。療程一般為7～10 天，也可視病情而定。劑量為0.4～0.6g/次，3 次/d，口服，療程同前。
(2)克林黴素和林可黴素：克林黴素是林可黴素的半合成衍生物，其抗菌作用與臨床療效均優於林可黴素。克林黴素對大多數厭氧菌包括、消化鏈球菌、類桿菌、梭形桿菌、真桿菌、短棒菌苗以及大多數放線菌屬都有良好的抗菌活性。已經報道10%～20%脆弱類桿菌對本品耐藥。某些梭菌尤其是產氣莢膜梭菌也耐藥。克林黴素對大腸桿菌和兼性革蘭陰性菌很少有活性，故在治療混合型感染時應加用其他抗菌藥物如氨基糖苷類抗生素。克林黴素對厭氧菌腹腔內感染、女性盆腔感染、皮膚與軟組織感染、骨和關節的厭氧菌感染有良好的療效。對厭氧菌引起的胸膜肺部感染，克林黴素的療效優於青黴素類。長期應用易引起腹瀉和艱難梭菌所致的假膜性腸炎。常用劑量為1.2～1.8g/d，分2 次或3 次靜脈滴注，病程可視情況而定。
(3)氯黴素：體外試驗表明氯黴素抗菌譜廣，除少數產氣莢膜梭菌外，對類桿菌和大多數其他厭氧菌有良好的活性，且易透入各種體液、組織中。對大腸桿菌等腸桿菌科細菌和鏈球菌也有一定活性。故臨床上本品常用於原因未明的嚴重厭氧菌感染，療效肯定。特別是中樞神經系統感染，仍不失為良好的選用藥物。也可用於治療呼吸系統的厭氧菌感染和混合感染。但是，其對腹腔內感染的療效並不令人滿意。少見而致命的毒性反應如再生障礙性貧血和白細胞減少症常限制了其應用。氯黴素的常用劑量為2g/d，分次靜脈滴注，療程視病情而定。
(4)β-內酰胺類抗生素：消化球菌、產氣莢膜梭菌、梭形桿菌、放線菌等對青黴素和頭孢菌素類常敏感，而脆弱類桿菌對青黴素、羧苄西林、替卡西林、頭孢唑林、頭孢替坦和某些第三代頭孢菌素如頭孢噻肟、頭孢哌酮等療效均令人失望，與多數脆弱類桿菌存在β-內酰胺酶有關。根據美國八個醫學中心1981～1986年對脆弱類桿菌的體外藥敏檢測，發現在β-內酰胺類抗生素中活性最強的為亞胺培南、替卡西林-克拉維酸鉀聯合制劑、頭孢西丁等，上述藥物能耐厭氧菌產生的β-內酰胺酶，故對類桿菌有較好活性。具體分述如下：
① 青黴素類：對於絕大多數非產β-內酰胺酶的細菌而言，青黴素仍然是不錯的選擇，這些細菌包括厭氧鏈球菌、梭菌屬、非產芽孢厭氧桿菌和絕大多數非產β-內酰胺酶的革蘭陰性厭氧桿菌(即類桿菌、梭形桿菌、普氏菌和波費桿菌屬)。除脆弱類桿菌組外，其他一些革蘭陰性厭氧桿菌對青黴素耐藥的情況也有所增加，包括梭形桿菌、普氏菌[如產黑色素普氏菌、兩路普氏菌(P.bivia)和解糖腖普氏菌(P.disiens)] 、波費桿菌屬、Wadsworthia 和內臟類桿菌(B.splanchinus)等。某些梭菌(多枝梭菌、梭形梭菌和丁酸梭菌)也可產生β-內酰胺酶而對青黴素耐藥。耐藥菌釋放β-內酰胺酶後，致青黴素失活，不僅可以保護其自身，也使青黴素敏感的致病菌得以存活。半合成青黴素、羧苄西林、替卡西林、哌拉西林和美洛西林等應用大劑量可以達到較高的血藥濃度。在此濃度下，對腸桿菌科和絕大多數厭氧菌具有較好的抗菌活性。但是，產β-內酰胺酶的革蘭陰性厭氧桿菌對其耐藥。
②頭孢類抗生素：第一代頭孢菌素的抗厭氧菌活性略遜於青黴素。脆弱類桿菌組中的絕大多數菌株、多數普氏菌和波費桿菌屬細菌可產生β-內酰胺酶而對頭孢類抗生素耐藥。由於對細菌所產生的β-內酰胺酶相對穩定，在頭孢類抗生素中，第二代頭孢菌素對脆弱類桿菌組細菌最為有效，對其耐藥者約為5%～15%。由於抗菌譜廣，第二代頭孢菌素被廣泛用於混合感染的治療和預防。除產氣莢膜梭菌以外，頭孢西丁對絕大多數梭菌相對無效。相對而言，其他第二代頭孢如頭孢替坦和頭孢美唑等半衰期更長。但是，兩者對脆弱類桿菌的抗菌活性與頭孢西丁類似，而對脆弱類桿菌組的其他細菌(即多形類桿菌)效果較差。第三代頭孢菌素對類桿菌屬有效，但抗菌作用遜於第二代頭孢菌。
③碳青黴烯類：亞胺培南和美羅培南對厭氧菌和需氧菌均有良好的抗菌活性，包括產β-內酰胺酶的類桿菌屬、腸桿菌科和假單胞菌屬。脆弱類桿菌組細菌耐藥率低於1%。
(5)大環內酯類：體外試驗中，紅黴素、阿奇黴素和克拉黴素等大環內酯類藥物對脆弱類桿菌組和梭桿菌以外的其他厭氧菌有中度以上的抗菌活性，尤其對普氏菌、卟啉單胞菌屬、微需氧和厭氧球菌、革蘭陽性非產芽孢厭氧桿菌和部分梭菌效果好。對產氣莢膜梭菌效果較好，對革蘭陰性厭氧桿菌效果差。常用於口咽部感染。
(6)萬古黴素和去甲萬古黴素：對各種革蘭陽性菌包括球菌與桿菌均有強大抗菌作用，最小抑菌濃度(MIC)大多為0.06～5mg/L，為快效殺菌劑。口服對艱難梭菌所致的假膜性腸炎具極好療效。成人劑量為2g/d，分次口服，療程7～10天。
(7)其他：四環素類(以多西環素較好)的抗厭氧菌作用較氯黴素、克林黴素和甲硝唑差，對放線菌屬則作用強大，因此除放線菌病外臨床上不用於厭氧菌感染的治療。喹諾酮類對厭氧菌的作用多數認為較差或不穩定。國外合成了若干喹諾酮新品種，對所有290 株厭氧菌(包括脆弱類桿菌和其他類桿菌、梭菌、梭形桿菌、消化鏈球菌、短棒菌苗等)均有良好活性(對≤2mg/L 的濃度均敏感)，有待臨床驗證。類桿菌和部分梭桿菌能產β-內酰胺酶而水解β-內酰胺類抗生素，後者與β-內酰胺酶抑制劑(如克拉維酸和舒巴坦)聯合制劑可使氨苄西林、阿莫西林、替卡西林、哌拉西林、頭孢哌酮等抗生素的抗菌譜增廣，抗菌作用顯著增強，從而對多種產β-內酰胺酶的細菌產生明顯協同作用;現有製劑有阿莫西林/克拉維酸鉀、替卡西林/克拉維酸鉀、舒他西林(氨苄西林-舒巴坦)、頭孢哌酮/舒巴坦(頭孢哌酮-舒普深)等，可用於脆弱類桿菌等感染。厭氧菌感染部位不同，其致病菌種類也不相同，故可根據不同部位的致病菌種類，選用適當的抗菌藥物。
①口腔厭氧菌感染：致病菌為口腔寄殖菌群，主要為消化鏈球菌、梭形桿菌屬、韋榮球菌屬、口腔類桿菌及真桿菌屬等。首選青黴素，次選紅黴素等大環內酯類或克林黴素。
②呼吸系統厭氧菌感染：主要致病菌為消化鏈球菌、產黑素普氏菌、梭桿菌屬、梭菌屬和脆弱類桿菌，多數呈混合感染。首選克林黴素，次選氯黴素或甲硝唑，均宜與氨基糖苷類抗生素聯合。
③腹腔內厭氧菌感染：常見致病菌為脆弱類桿菌、梭菌和厭氧球菌，常與兼性菌混合。首選甲硝唑或克林黴素，次選氯黴素，均宜與氨基糖苷類聯合。
④婦產科厭氧菌感染：主要致病菌為厭氧鏈球菌、類桿菌、梭形桿菌和梭菌，可有兼性菌混合感染。首選青黴素類，次選克林黴素或甲硝唑。可與氨基糖苷類聯合。
⑤中樞神經系統厭氧菌感染：常見致病菌為消化鏈球菌、梭桿菌、脆弱類桿菌，部分呈混合感染。首選氯黴素加青黴素類，或甲硝唑加青黴素類。劑量均宜大。
⑥骨與關節厭氧菌感染：較少見。致病菌以類桿菌為主，首選克林黴素，次選氯黴素或甲硝唑。
⑦皮膚軟組織厭氧菌感染：常由產氣莢膜梭菌、厭氧球菌引起。首選青黴素，次選克林黴素。
⑧艱難梭菌所致偽膜性腸炎：首選萬古黴素(口服)或甲硝唑。曲伐沙星因其肝毒性，已停止使用，美國FDA 規定僅用於具有特殊指徵的ICU 患者。
3.其他治療 支持和對症治療包括維持水、電解質平衡，輸血，糾正休克，止痛、腎衰竭的治療，患肢的固定等亦屬重要。併發血栓性靜脈炎或DIC 時，有應用肝素等抗凝劑的指徵。由產氣莢膜梭菌造成流產後感染或敗血症而併發血管內溶血時，可應用換血療法。破傷風或肉毒梭菌感染時，毒素是重要的致病因子，此時，抗毒素的應用尤為重要。此外可給氧，包括局部應用3%過氧化氫溶液沖洗和全身給藥，重症患者可考慮高壓氧艙治療。
