綜合臨床和細菌學檢查的某些特點可考慮該病的診斷。
1.臨床提示有厭氧菌感染可能的某些特徵
(1)任何接近正常可有厭氧菌寄殖的黏膜面，如結腸、陰道和口咽部的感染。
(2)分泌物具典型的腐臭，但無此臭味者尚不能排除50%的病例可無此氣味。
(3)存在組織嚴重壞死、膿腫、筋膜炎或壞疽。
(4)病變組織或滲出物中有氣體。
(5)常規血液(需氧)培養結果陰性的感染性心內膜炎。
(6)感染繼發於惡性腫瘤(尤結腸、子宮和肺部等處)或其他引起組織破壞的疾病者。
(7)氨基糖苷類和β-內酰胺類抗生素應用後發生的感染。
(8)伴發化膿性血栓性靜脈炎。
(9)繼發於人或動物咬傷後的感染。
(10)血性滲出物呈黑色，在紫外線下可發紅色熒光(產黑色素普氏菌或卟啉單胞菌感染)。
(11)分泌物中有硫黃顆粒存在(放線菌感染)。
(12)有提示厭氧菌感染的某些臨床表現，如敗血性流產吸入性肺炎、腸道手術後感染等。
(13)典型臨床表現，如氣性壞疽、放線菌病和肺膿腫等。
2.細菌學檢查提示有厭氧菌感染可能的某些線索
(1)滲出物革蘭染色或培養所見菌落，具有形態學特徵。
(2)膿性標本常規培養無細菌生長(在硫乙醇酸鈉肉湯培養基中或瓊脂深處可有細菌生長)，革蘭染色則見到細菌。
(3)在含卡那黴素和萬古黴素的培養基中，有革蘭陰性桿菌生長。
(4)在培養過程中有大量氣體產生，且有惡臭。
(5)在厭氧瓊脂平板上有典型菌落(如核梭形桿菌和產氣莢膜梭菌)，剛長出的產黑色素普氏菌菌落於紫外光下呈紅色熒光。
(6)氣相色譜分析呈現厭氧菌特有的揮發性脂肪酸。
3.基礎性疾病提示可能的厭氧菌感染種類
(1)接受化療的白血病患者，如有敗血症表現伴口腔黏膜損害可能為噬二氧化碳纖維菌屬(Capnocytophaga)或口腔纖毛菌(Leptotrichia buccalis)性敗血症。
(2)出現中性粒細胞減少發熱、嘔吐、腹瀉和腹痛者，可能為中性粒細胞減少性的結腸炎(neutropenic colitis)並常伴有敗血症常見於敗毒梭菌、第三梭菌或產氣莢膜梭菌和革蘭陰性微需氧桿菌鵻的混合感染。
(3)放置宮內避孕器的婦女發生盆腔感染時，多見放線菌或真桿菌感染。
(4)當肺部感染出現在下垂肺葉段，尤其是患有牙周病近期有麻醉史或吸入史者，可能為吸入性肺炎。
(5)發生褥瘡感染和入侵途徑不明的敗血症者，致病菌常為脆弱類桿菌組厭氧菌，後者自褥瘡入血。
(6)導管相關性的感染中，非厭氧菌所致者更常見，而常見的厭氧菌為短棒菌苗屬和大消化鏈球菌。
(7)咬傷患者傷口感染的致病菌常為口腔寄殖厭氧菌和鏈球菌，被人咬傷者常見齧蝕艾肯菌(Eikenella corrodens)，而被動物咬傷者常為巴斯德菌屬(Pasteurella spp)。
