厭氧菌感染可發生於任何部位和臟器，但以胸腔，腹腔和盆腔感染為多見，佔這些部位感染的70%——90%以上，但1/3——2/3為混合感染。
1.中樞神經系統感染
局灶性化膿性感染，如腦膿腫和硬膜下積膿常和厭氧菌感染有關，相反，由厭氧菌引起的硬膜外積膿和腦膜炎卻很少見。
2.敗血症和心內膜炎。
3.呼吸系統感染
常見的有上呼吸道感染和胸腔內感染，並可引發肺炎、肺膿腫、壞死性肺炎等疾病。
4.腹腔內感染
正常腸道內含有大量厭氧菌，腹腔內感染常與腸道菌叢汙染有關，因此具有厭氧菌分離率高，常為多種細菌的混合感染等特徵。並可引發肝膿腫，膽道感染，闌尾炎，腸道感染等。
5.女性生殖道和盆腔感染
幾乎所有非性傳播造成的女性生殖道感染均包括了厭氧菌感染，常見的致病菌包括消化鏈球菌，普氏菌(尤為二路普氏菌和解糖腖普氏菌)，波費桿菌，梭菌(包括產氣莢膜梭菌)。
6.尿路感染
厭氧菌引起的尿路感染包括尿道炎，尿道周圍炎，尿道周圍蜂窩織炎和膿腫(可伴壞死或形成多發性瘻)，尿道球腺炎(包括壞死性和氣腫性)，前列腺炎(偶爾呈壞死性並積膿)，遷徙性腎臟感染(有敗血症時常伴積膿)，腎周膿腫，腎盂積膿，腹膜後積膿，腎切除傷口感染，腎移植感染，化膿性血栓性腎靜脈炎，膀胱壞疽，會陰膿腫或壞疽，尿路各部位氣性壞疽，睪丸膿腫等。
7.骨和關節感染
厭氧菌性骨髓炎較為少見，厭氧菌性骨髓炎分為放線菌性與非放線菌性兩種，放線菌性骨髓炎主要見於頜骨和脊椎骨，其次尚有肋骨，頭顱骨，長骨，短骨等，可同時伴有其他厭氧菌和需氧菌的混合感染，大多由附近感染(如牙周感染，鼻竇炎，創傷或惡性腫瘤的感染)直接播散所致，感染過程常呈亞急性或慢性，在頦部或頸部有典型硬塊，並有經常流膿並排出“硫黃顆粒”的竇道，多累及較大關節，依次為膝，髖，肘，胸鎖，肩，骶髂等。
8.皮膚和軟組織感染
常有腐臭分泌物，產氣，廣泛組織壞死，並有延伸至皮下組織和筋膜面形成竇道的傾向，多數由需氧菌和厭氧菌協同引起，某些厭氧菌可引起下列特殊的臨床綜合徵。①進行性細菌協同感染性壞疽;②協同性壞死性蜂窩織炎;③慢性竇穴狀潰瘍;④壞死性筋膜炎;⑤厭氧鏈球菌性肌炎;⑥梭菌性肌壞死(氣性壞疽);⑦口腔，面頰部感染。
