厭氧菌是人體內主要的正常菌群，類桿菌屬在口腔、腸道、泌尿道、女性生殖道最多;梭形桿菌主要存在於上呼吸道和口腔;消化球菌和消化鏈球菌存在於腸道、口腔、陰道和皮膚;丙酸
桿菌常存在於皮膚、上呼吸道和陰道;韋永氏球菌則存在於口腔、上呼吸道、陰道和腸道。
由於厭氧菌是人體內的正常菌群，因此，厭氧菌感染絕大多數屬內源性。這些細菌是一種條件致病菌，必須在全身或局部抵抗力下降時才能發生侵入和感染。
全身性因素包括惡性腫瘤、白血病、糖尿病、白細胞減少症、丙種球蛋白降低、應用免疫抑制劑或細胞毒藥物、
厭氧菌感染脾切除、膠原病等，手術創傷、營養不良、組織缺氧、組織破壞、異物、外周血管閉塞、需氧菌感染等使局部氧化還原電位差降低的因素，均有利於厭氧菌的滋長和感染。發生外科厭氧菌感染的常見部位為：口腔感染、腹膜炎、腹內膿腫、闌尾炎、憩室炎、肛旁膿腫，直腸周圍膿腫、腦膿腫、肺膿腫、肝膿腫和盆腔感染等。女性生殖道的厭氧性感染常發生於難產和非法流產，因產道組織的破壞和出血有利於厭氧菌的滋長，病情兇險，往往合併附近血管的血栓性靜脈炎。在皮膚和軟組織感染中，有一種厭氧菌和需氧菌的協同性感染;如壞死性筋膜炎，雖不多見，但一旦發生，可引起大片筋膜和皮膚壞死，病情發展迅速。
