採收的洋蔥經乾燥處理後，能貯存較長時間不會發芽或黴爛。但未經乾燥處理或存放不當，也會發芽或腐爛，通常洋蔥在15攝氏度左右最容易發芽。發了芽的乃至長出青苗的洋蔥不會產生有害人體的物質，故仍可以吃。 但是，洋蔥發芽後鱗塊部分的營養物質會轉移到頂部供芽生長，致使營養成分下降。另外，洋蔥發芽後會影響其商品價值，其味也較辣。所以，應將洋蔥置於陽光下曬一段時間，然後放在通風乾燥處，儘量避免其發芽。
雖然洋蔥發了後還可以食用，但是其營養價值和保健養生功效都大打折扣，因此，大多數人還是會選擇不吃，但對於少數比較節約的人，還是會選擇性的食用，比如把發芽的部分切掉，沒有發芽的部分還可用來烹飪，但大家一定要注意，不要過量食用洋蔥。
