正常人咽峽部培養應有口腔正常菌群,而無致病菌生長。咽部的細菌均來自外界,正常情況下不致病,但在機體全身或局部抵抗力下降和其他外部因素下可以出現感染等而導致疾病。因此,咽部拭子細菌培養能分離出致病菌,有助於白喉、化膿性扁桃體炎、急性咽喉炎等的診斷。
由於呼吸和食物都通過口腔,因此口腔中會有形形色色的細菌寄生。如卡它球菌、各種葡萄球菌、各種鏈球菌、類白喉桿菌、肺炎克雷伯菌及大腸桿菌等。另外還有厭氧菌,如消化球菌、擬桿菌及類酵母菌的存在。
流感是通過呼吸道傳播的,咽部是此類病毒聚集較多的地方。咽拭子標本就是用醫用的棉籤,從人體的咽部蘸取少量分泌物,採取的樣本就是咽拭子標本,為了檢驗呼吸道疾病病毒類型,往往通過咽拭子可以方便快捷準確地檢測出該病毒類型。