臨床是使用鹽酸萬古黴素的主要不良反應如下：
耳毒性：可出現耳鳴或耳部飽脹感、聽力減退甚至缺失、聽神經損害等。在大劑量、長時間、老年人或腎功能不全者應用時尤易發生。
腎毒性：主要損害腎小管。早期可有蛋白尿、管型尿，繼之出現血尿、少尿等;嚴重者可致腎衰竭。在大劑量(血藥濃度超過 60～100mg/L)、長時間、老年人或腎功能不全者應用時尤易發生。
變態反應：快速大劑量靜脈給藥時，少數患者可出現"紅頸綜合徵"。表現為寒戰或發熱、暈厥、瘙癢、噁心、嘔吐、心動過速、皮疹或面部潮紅;頸根、上身、背、臂等處發紅或麻刺感(組胺釋放所致)，偶有低血壓和休克樣症狀。其發生率高於去甲萬古黴素和替考拉寧。
局部反應：肌注或靜脈給藥時可出現注射部位劇烈疼痛，嚴重者可致血栓性靜脈炎。
胃腸道：口服給藥可有噁心、嘔吐、口腔異味感等症狀。
