大部份牙周病患，留存在牙齦附近牙頸部的牙菌斑是罪魁禍首。也就是說牙周病是一種慢性細菌感染造成的疾病。如果仔細計算，一毫克的牙菌斑約有一億個細菌，口腔除牙齒外，黏膜、唾液都是細菌的溫床，況且牙菌斑內有十餘種毒性很強的厭氧性細菌，這些細菌不但會侵入牙周組織，入侵的細菌本身及其所分泌的毒素，則會激發牙齦組織內強烈的破壞性免疫反應，造成牙齦、牙周韌帶和齒槽骨的崩解破壞。
牙菌斑是造成牙周病的主要元兇，可是下列因素也會影響牙齦的健康：
1.抽菸
香菸內尼古丁會抑制多核性白血球的功能，減少體內對細菌抗體的量，使身體防衛牙周致病菌能力受影響，造成牙周病的惡化及蔓延，抽菸者牙周病治療也常無法達到預期效果，也有高復發機會。
2.懷孕與青春期
婦女在懷孕其間，身體上荷爾蒙改變，會促使牙周病菌數目大量增加，加重原本存有之牙周問題，牙齦發炎的比率因而大增，甚至有些婦女會形成懷孕肉芽腫瘤。停經後婦女患有骨質疏鬆症者，其下顎骨的骨質密度比沒有骨質疏鬆症婦女來的低許多，且牙齒喪失的數目也較多。
3.壓力
4.藥物
5.磨牙
6.糖尿病
臨床數據指出，45歲以上如果患有糖尿病及抽菸的人，會較沒有糖尿病，沒抽菸的人，多20倍機會得嚴重的牙周病。
糖尿病患者會因身體免疫系統改變，影響牙齦組織膠原纖維代謝，而加速齒槽骨喪失，及延緩牙周組織的癒合能力，所以血醣控制不佳的病患，牙周治療效果也較預期差。
7. 其它全身性疾病:如白血病,愛滋病會增加發病機會受愛滋病毒侵犯患者的牙周破壞，會較一般慢性牙周病者來的迅速，可在短短3~4月時間，高達一公分的深度，而一般慢性牙周病患者，10年左右才有可能產生同樣深度的齒槽骨侵蝕。除此外，也可以在牙齒與牙齒之間的牙齦出現凹狀糜爛，甚至骨頭外露而感劇烈疼痛。
口腔健康為全身健康之本，牙周病感染也會影響全身的健康，目前多項證據顯示罹患牙周病患者發生心肌梗塞與中風的機率是一般人的3倍，糖尿病患者若伴有嚴重牙周病，血醣也較難控制;孕婦若患有嚴重牙周病，發生早產兒或新生兒體重過輕的機率，是一般口腔健康良好的孕婦7至10倍;常年臥病，口腔衛生不好，或有牙周病病患，較易得吸入性肺炎;口腔衛生不良，堆積在牙齒或牙齦溝中細菌數可增加，菌血機會增加。
