本品可肌肉注射，也可靜脈滴注。肌肉注射時，用前加2ml注射用水或氯化鈉注射液溶解後使用，靜脈滴注時，用前先加2ml注射用水或氯化鈉注射液溶解，再移回到5%葡萄糖注射液或0.9%氯化鈉注射液50-200ml中靜脈滴注，每次滴注時間為1.5-2.0小時。
為了正確計算劑量，應在給藥前獲知病人的體重，對於肥胖病人的劑量應按瘦人的體重計算。腎功能狀態可根據血清肌酐濃度的測定而估計，或根據內在的肌酐清除率而計算。另外，治病期間應定期檢查腎功能。
對於體表過度燒傷的病人，由於藥動參數的改變，其血清藥物濃度可能下降，通過測定血清藥物濃度來指導用藥劑量顯得更重要。
療程：在保證療效的前提下，應儘可能縮短治療時間。通過常的療程為7-14天，在有併發感染時，可能需要更長治療時間。雖然延長治療時間，奈替米星的耐受性好，但長時間給藥，應檢測腎功能、聽力和前庭功能，如果臨床有表徵，應適當調整劑量。
在應用過程中，應通過測定血清藥物濃度的峰谷值，以確保在所給劑量下的有效且安全。當測定方法可行時，峰濃度範圍4-12mcg/ml，不能超過16mcg /ml。個體間，由於腎功能狀態(正常或異常)的差別，其藥物濃度會變，峰濃度應控制在6-12mcg/ml，谷濃度應在0.5-2mcg/ml較好。對於特殊病人的血清藥物濃度的有效性，應考慮致病菌的敏感性、感染的嚴重程度和病人的機體免疫防衛系統的功能。推薦劑量並非一成不變，僅作為首次治療或治療期間不能測定血藥濃度選擇劑量的一個指導。
