1.腎毒性:奈替米星引起的腎臟不良反應為1000人中有7例.不良反應可表現為血清肌酐值上升.並可能伴隨尿量減少.尿中出現腎小管管型細胞或蛋白質;血尿素氮值上升或者肌酐清除率下降.這些不良反應在老年人.有腎臟損害病史的病人.接受長時期或者超過推薦劑量的藥物治療的病人身上發生的更加頻繁.雖然.在氨基糖苷類抗生素治療後可能會發生永久性的腎損害.我們觀察到的由奈替米星引起的腎損害通常是溫和且可逆的.並且是在治療結束後.在藥物被排洩時發生的.
2.神經毒性:有關於對聽覺神經和第八對顱神經的前庭分支有不良反應的報道.與奈替米星相關的聽力改變在每1000人中大約發生4例.與奈替米星相關的主觀聽力喪失大約每250人中發生1例.與奈替米昨相關的前庭異常在每150人中發生1例.
那些可能使與氨基糖苷類抗生素相關的耳毒性發生率風險增加的因素包括:腎損害(特別是嚴重到需要透析的病人).藥物過量:脫水.給藥時伴隨利尿酸和味喃葵胺酸或先前已經用過其它耳毒性藥物.也報道有外周神經病或腦病.包括麻木.皮膚麻刺感.肌肉刺痛.驚厥和毒性樣肌無力綜合症發生.