綠藻門植物的繁殖方式也多樣，管狀綠藻(Caulerpa prolifera)無性生殖和有性生殖都很普遍，有些種類的生活史有世代交替現象。有通過營養繁殖、無性植物繁殖的;而有性繁殖的方式多種多樣。同配、異配和卵配都有存在。綠藻通常會有包含纖維素的細胞壁，進行無中心粒的開放有絲分裂。
有性生殖常見，其配子有2或4條尾鞭型鞭毛。無性生殖有裂殖(原球藻屬)、段殖或產生動孢子和不動孢子(絲藻屬、鞘藻屬)等方式。其中蛋白核綠藻的繁殖方式最為獨特。蛋白核綠藻就是一種單細胞的藻類植物，整個遺傳的物質全部在細胞核中。單細胞的綠藻含有豐富的葉綠素並且堆積得很密。它是吸收了太陽能量進行光合作用反覆進行細胞分裂繁殖的神秘植物，生產人們所需要的各種氨基酸、蛋白質及維生素等;對肽類物質進行正確的加工，從而使這些肽具有正常的生物活性。
綠藻又是一種高能量植物，不用種子來繁殖後代。綠藻的繁殖方式是特有的生物活性生長因子C.G.F(Chlorella Growth Facter)決定的。C.G.F是綠藻獨有的活性成分。有了C.G.F這種特殊的促進生長活性成分,使綠藻具有高超的“分身術”。一個綠藻細胞1分為2，然後2個分為4個，4個變8個，越分越多，並保證細胞基因不會發生變異。在生長環境優越的情況下，一個綠藻的細胞內可以分出4~16個孢子來。這些小小的孢子又長成了母親的模樣，於是一個小球藻經過“分身術”變成了4~16個綠藻。
