許多病毒性腦炎患者可完全恢復。存活與康復的機會很大程度上取決於病毒的類型。如細菌性腦膜炎得到及時治療，死亡率不到10%。但如果診治延誤，可造成不可逆的腦損害甚至死亡，特別是嬰兒和老人。大多數人可以完全康復。某些後遺症，則需要終身治療。
一般腦膜炎可由細菌或病毒感染而引起，是一種比較嚴重的疾病。細菌型腦膜炎是一種特別嚴重的疾病需及時治療。如果治療不及時，可能會在數小時內死亡或造成永久性的腦損傷，留下耳聾、癱瘓、智力低下等後遺症。
病毒型腦膜炎則比較嚴重但大多數人能完全恢復，少數遺留後遺症。細菌性腦膜炎的主要致病菌有肺炎球菌和B型流感嗜血桿菌等。雖然病情嚴重，但在大劑量抗生素介入下，絕大部分的細菌性腦膜炎均能治癒，但也不排除留下後遺症的可能。因此對於這類嚴重疾病，預防更大於治療，例如肺炎球菌即可通過7價肺炎球菌結合疫苗予以預防。而病毒性腦膜炎則以抗病毒治療為主，目前沒有甚麼較好的預防方法。
成人愈後較好，而兒童恢復則需要較長時間，嬰兒可能遺留有不可逆損害。如果確定治療比較及時的話，應該不會留下後遺症的，而且治癒的可能是很大的，注意及時觀察不要耽誤治療。
