病毒性腦炎後遺症的主要治療方法有：藥物治療，理療，康復治療及中藥治療。
1.促進神經細胞再生藥物 :如腦活素 10～30毫升溶於 250毫升生理鹽水中緩慢靜點 ,每天一次 , 10～ 20天為一療程。
2.恢復細胞正常功能藥物 :如胞二磷膽鹼0. 75克溶於 5%葡萄糖溶液或生理鹽水 250～500毫升中 ,每日一次靜點 ,也可 0. 25克從椎管內注入。
3.改善腦細胞環境藥物 :如尼莫地平能擴張腦血管 ,改善腦供血 ,有利於各種營養物質到達腦細胞 ,一般開始治療 1個小時內連續靜點1毫克 ,若病人能耐受 , 1小時後增至每小時 2毫克連續靜點 ,每日總量 24～ 48毫克 , 7～ 14天為一療程。另外 ,還可通過高壓氧治療改善腦細胞供氧。
4.理療。
5.康復治療 :可通過針灸、肢體功能鍛鍊 ,促進肢體功能恢復。
6.中藥 :例如醒腦靜可開竅醒腦、行氣活血、涼血解毒 ,對腦炎及腦血管病後遺症均有效果。一般 10～ 20毫升溶於 25%～ 10%葡萄糖或生理鹽水 250～ 500毫升中靜點 ,每日一次。
