大量證據證實，慢性萎縮性胃炎和胃癌關係密切，故而有的學者主張胃切除以防慢性萎縮性胃炎癌變。慢性萎縮性胃炎手術療法指徵如下：
(1)萎縮性胃炎活檢有中度以上不典型上皮增生。對輕度不典型上皮增生，因病變可能為可逆性，亦可不行手術，隨訪觀察。
(2)胃鏡下見有侷限性粘膜變白、糜爛、隆起或凹陷者。此種粘膜改變不能排除不典型上皮增生或早期癌(儘管活檢未能證實)。對這些病例應短期胃鏡隨訪觀察，如仍發現糜爛等改變，以手術治療為宜。
(3)萎縮性胃炎合併經久不愈或複發性胃潰瘍者。此類病變可能亦屬癌前期改變，以手術為宜。即使潰瘍已癒合，如伴隨的萎縮性胃炎和/或粘膜糜爛嚴重，仍不能排除癌前期病變，甚至早期胃癌。
(4)萎縮性胃炎多次合併上消化道出血者。出血多由粘膜糜爛引起，糜爛性病變易致癌變。
(5)胃大部切除術後殘胃炎並有明顯膽汁反流者。此種患者可做konxeny空腸吻合術，吻合口距胃空腸吻合口至少50cm，以避免膽汁反流。
