(1)痛經 主要症狀，為繼發性且逐年加重，但也有少數病人無明顯的痛經。異位的子宮內膜受卵巢激素的作用，與正常子宮內膜有同樣的週期性變化，月經後半期，異位的內膜高度增厚充血，子宮內膜異位瘤內壓力逐漸增加，行經時經血聚積囊內，使囊壁承受的壓力驟然增加而引起疼痛。因此，子宮內膜異位症痛經的特點多從月經前甚至週期後半期開始，持續整個月經期至月經後數日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏於一側，病變浸及子宮直腸。月經過多，月經血量多，也是臨床常見症狀之一，一般月經週期規律表現為經血過多或帶經日久。
(2)性交痛 宮直腸窩陰道後穹隆，宮骶韌帶等部位的子宮內膜異位症均可發生性交痛，而且常於月經前較為明顯。
(3) 不孕 30-70% 子宮內膜異位症患者伴有不孕症，在原因不明的不孕症患者中約70-80%的患者伴有子宮內膜異位症，患者常因盆腔器官粘連，使輸卵管蠕動受阻或輸卵管堵塞等機械因素導致不孕，亦可能為卵巢功能不全，自身免疫反映增強，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有關。
(4)卵巢子宮內膜囊腫 壁較脆缺乏彈性，經血逐漸聚積，囊內壓力不斷增高，內容物可自囊壁的薄弱部位潰破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出現急腹症。
