巧克力囊腫可在宮腔鏡的窺視下看到子宮內膜樣組織，由於這種囊腫內瀦留的陳舊血瘀如巧克力糊狀的顏色，故稱它為“巧克力囊腫”。
1.漸進性痛經
這是常見而突出的特徵，多為繼發性，從某一個時期開始出現痛經，可發生在月經前、月經時及月經後。但也有少數病人無明顯的痛經。異位的子宮內膜受卵巢激素的作用，與正常子宮內膜有同樣的週期性變化，月經後半期，異位的內膜高度增厚充血，子宮內膜異位瘤內壓力逐漸增加，行經時經血聚積囊內，使囊壁承受的壓力驟然增加而引起疼痛。因此，子宮內膜異位症痛經的特點多從月經前甚至週期後半期開始，持續整個月經期至月經後數日消失。
2.性交痛
當存在於陰道穹窿部異位子宮內膜結節、直腸凹陷結節或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產生性交痛。而且常於月經前較為明顯。亦可能出現泌尿系統症狀，嚴重的可發生輸尿管積水或腎盂積水。
3.不孕
約30-70%子宮內膜異位症患者伴有不孕症，常因病變造成盆腔腫塊、粘連、輸卵管堵塞卵泡發育不好或排卵障礙等因素引起。患者常因盆腔器官粘連，使輸卵管蠕動受阻或輸卵管堵塞等機械因素導致不孕，亦可能為卵巢功能不全，自身免疫反映增強，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有關。
4.腹膜炎
卵巢子宮內膜囊腫，囊壁較脆缺乏彈性，經血逐漸聚積，囊內壓力不斷增高，內容物可自囊壁的薄弱部位潰破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出現急腹症。
5.月經不調
內異症患者常有月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象，說明患者有卵巢功能障礙表現。月經不調可作診斷參考，但在鑑別診斷中並無價值。
6.週期性膀胱刺激症狀
當內異症病變累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌層時，會同時出現經期尿急、尿頻等症狀。若病變侵犯膀胱粘膜(膀胱子宮內膜異位症)則有周期性血尿和疼痛。巧克力囊腫經期或行經前後的急腹症：一般為卵巢子宮內膜囊腫，有穿破的特點，多數患者因卵巢囊腫扭轉或宮外孕而急診手術。若不手術而好轉時，盆腔粘連加重，今後還會反覆破裂發生急腹症。
在很多子宮內膜異位是B超也不一定查得出來的。醫生有時可能通過內診接觸到異物，但最準確的方法還是腹腔鏡的檢查。用腹腔鏡檢查時可以順帶做處理，加上術後的藥物治療常可以痊癒。由於一般的體檢往往不能查出子宮內膜異位，所以更要提高警惕。
