術後保養
巧克力囊腫治療之後又很容易復發，無論是保守治療還是藥物治療，效果均不太理想，而根治手術又不適合想要生小孩的女性，所以此病不但治療棘手而且給患者帶來巨大痛苦。
腹腔鏡手術是診斷子宮內膜異位症的最佳方法。但手術後卻並非萬事大吉，因為手術後，人體會恢復排卵，發揮內分泌功能，殘存的內膜又會開始生長，所以手術後儘早懷孕，因為懷孕後至少有一年的時間可以讓這些內膜組織因為沒有雌激素而逐漸衰退而被吸收掉。所以妊娠是最好的治療，助孕技術也是最好的治療。
如果不能懷孕的婦女，如痛經則可以口服避孕藥，卵巢抑制是好辦法。有人說，原本就擔心雌激素刺激，避孕藥不是含有雌激素嗎?雖然避孕藥含有激素，但外來的激素不足以影響到巧克力囊腫的生長。
巨大內膜囊腫、估計有廣泛腸黏連、需進行腸切除術或判定為很複雜的手術以開腹手術為宜。對於不想生育，且接近停經的婦女，則可以考慮切除子宮和卵巢，以達到一勞永逸的目的。
