再生障礙性貧血的主要發病環節是細胞免疫異常，主要是T細胞功能亢進引起的造血組織損傷，造血微環境與造血幹細胞量的改變是異常免疫損傷所致，是一種自身免疫性疾病。這有別於傳統觀念認為再障為物理、化學或生物因素引起的造血組織“種子/蟲子/土壤”異常、造血功能衰竭綜合徵。
1.異常免疫反應損傷造血幹/祖細胞
各種致病因素引起：
①樹突狀細胞(DCl)活化，患者免疫耐受打破;
貧血再生障礙性貧血病因
②免疫激活：CD4+和CD8+T細胞都被激活，T細胞在抗原刺激下克隆性增殖，T細胞亞群失衡，Th：細胞增多、Th1/Th2比值增高，從而導致異常的T淋巴細胞可直接抑制骨髓細胞的生長;或分泌多種造血負調控因子，如IL-2、腫瘤壞死因子α、γ-干擾素可抑制造血幹/祖細胞造血;上調Fas途徑及穿孔素途徑的凋亡，使骨髓CD34+細胞大量凋亡導致造血功能衰竭。強化免疫抑制治療對再障的顯著療效也成為其佐證。
2.造血幹細胞減少或缺陷
再障患者骨髓CD34+細胞明顯減少;骨髓中粒-單核細胞集落生成單位(CFU-GM)、紅細胞集落生成單位(CFU-E)、巨核細胞集落生成單位(CFU-Meg)都減少。
3.造血微環境的缺陷
再障患者骨髓活檢示造血細胞減少，骨髓脂肪化，靜脈竇壁水腫、出血、毛細血管壞死;部分AA骨髓基質細胞體外培養生長情況差;骨髓基質細胞受損的AA做造血幹細胞移植不易成功。
總之，獲得性再障是遺傳易感性和環牆田委託闊輛廟喲結果..免疫異常是致病的共同途徑，主要是免疫耐受被打破，T細胞通過細胞毒性及其釋放的抑制性因子，直接抑制造血或經凋亡導致骨髓衰竭。
