1、第一階段(瘻發生後7～10日)患者處於瘻口尚未穩定期與感染的初期，腹腔內感染嚴重，局部炎症水腫，如手術修補腸瘻口往往失敗，而且會導致感染擴散;應該給患者禁食，胃腸減壓，並給予是胃腸外營養糾正一般情況;給予抗生素，徹底引流腹腔感染灶，並將腸內容物徹底引流出腹腔(傷口暴露及時清除或插管引流)。
2、第二階段(10～30日)經過第一階段處理，患者逐漸恢復，瘻口經過引流或處理已成為“被控制”的瘻，感染仍很嚴重或繼續發展擴散時應積極控制感染加強營養。尤其是全靜脈營養是必要的手段，以供給熱量與氮源。
3、第三階段(1～3月)經1～2階段處理，效果較好的瘻口已癒合或穩定，因腸瘻較低對營養的影響不大，但瘻口不癒合時，應及時瞭解不癒合的因素，常見的原因：
(1)瘻口遠端梗阻;
(2)瘻管的組織已上皮化;
(3)結腸粘膜與腹壁癒合，使瘻口呈唇狀;
(4)瘻口部有異物存在;
(5)瘻口附近有膿腫引流不暢;
(6)特殊感染或腫瘤存在。
這段時間重點是尋找瘻口不癒合的原因，控制腹腔內感染，尤其是腸壁間隙膿腫，高度懷疑時應及時剖腹探查引流膿腫。當然B型超聲能檢查證實時，可在其引導下行穿刺抽膿，注入抗生素，以解除手術中腹腔廣泛粘連，易損傷腸管的顧慮。
第四階段腸瘻未癒合的患者，腹腔感染控制，瘻口局部情況好，可考慮擇期手術，清除病因，以關閉瘻口。如瘻口遠端梗阻應解除後再修補瘻口;單純唇狀瘻，或管狀瘻，可將瘻翻向腸腔而不要過多的探查腹腔，當然吻合局部因特殊感染或腫瘤存在時，應將病變切除吻合。
