白色念珠菌病的治療以局部治療為主，但嚴重的病例和慢性念珠菌感染常需要輔以全身治療。
局部治療藥物有：2%～4%碳酸氫納(小蘇打)溶液，哺乳前後洗滌口腔和乳頭，用藥至病變消失後數日;0.05%龍膽紫水溶液，每日塗搽3次;0.2%洗必泰溶液或1%洗必泰凝膠局部塗、沖洗或含漱;5～10萬單位/ml制黴菌素水混懸液塗布，每1～2小時1次，可嚥下;1～2歲的兒童用制黴菌素10萬單位，每日3次口服;
成人用制黴菌素50～100萬單位，每日3次口服，療程7～ 10天;咪康唑(達克寧)適量局部塗，療程10天;克黴唑0.5g(成人)每日3次口服(因副作用多而較少用);酮康唑200mg，每日1次，療程2～4周，不可與制酸藥和抗膽鹼藥物同用。有免疫缺陷或與之相關的疾病，全身輔以綜合治療，如用轉移因子、胸腺素、脂多糖等，補充鐵劑、維生素a以及多次少量輸血等。
中醫認為白色念珠菌病是由於胎中伏熱，蘊積心脾，復感外邪，引動內熱，上燻口舌而致;或素體脾虛，久病大病後，或過用寒涼，脾胃受傷，蘊溼化熱，上蒸口腔而致。
心脾積熱型，治以清胃瀉火解毒，方選導赤散合清熱瀉脾散加減，組成：生地黃、木通、淡竹葉、黃芩、黃連、梔子、燈心、茯苓、車前子、人中黃、甘草等。
脾虛溼盛型，治以健脾益氣潤燥，方選參苓白朮散或連理湯加減，組成：白朮、人參、茯苓、黃連、乾薑、炙甘草、白扁豆、山藥、陳皮、藿香、蒼朮等。
