植物化學研究發現，胖大海種子外層含西黃芪膠粘素，果皮含半乳糖、戊糖等成分。還有研究表明，胖大海能促進小腸蠕動，產生緩和的瀉下作用，腸胃不好的人不要長期服用;
該藥還具有降壓作用，因此，血壓正常或者血壓偏低的人長期服用的話，可能會有血壓過低的危險;另外，胖大海外皮、軟殼、果仁的水浸出提取物有一定鎮痛功效，果仁的作用最強，其鎮痛原理目前尚未得知，但可以肯定的是，如果是因為抑制中樞而產生的止痛作用的話，長期服用胖大海也具有潛在的危險。
動物藥理毒性實驗也表明，胖大海具有一定的毒性。其果仁(去脂乾粉)可引起動物呼吸困難，運動失調;實驗犬連續大量服用會致死，解剖時可見肺充血水腫。 還有，臨床中發現，極少數的人對胖大海會產生過敏反應，甚至可致命。
