河豚毒素所在部分和季節上的變化河豚毒素所在部位為魚體內臟。其包括：生殖腺、肝臟、腸胃等部位，其含毒量的大小，又因不同養殖環境及季節上變化而有差別，按長江河豚和人工養殖河豚的實例證明，各器官毒性比較如下：卵巢〉脾臟〉肝臟〉血筋〉眼睛〉鰓耙〉皮〉精巢〉肌肉。養殖河豚(2齡以上)其器官毒性比較與野生河豚一致，但含毒素量較低。
生殖腺 就是卵巢及精巢。卵巢含劇毒，為河豚含毒量最大的強毒部分之一。精巢是微毒或無毒;卵巢與精巢為長圓形，位於腹腔後部，肛門附近。二者在生殖時期，易於辨別，睪丸為乳白色，卵巢為淺黃色;橫斷切面，精巢呈白乳糜狀，而卵巢則呈顆粒狀;但秋後因生殖期已過，卵巢與精巢皆呈萎縮，二者間較難辨別。
肝臟 為一較大縱長的器官，位於腹腔的右側，上接膨大的胃部，下部尖端達肛門附近，呈灰褐色，內側具有一綠色
的膽囊。肝臟為河豚劇毒部分，食河豚時宜特別注意在食前務必剖除乾淨，人工養殖的可以通過油煎後食用。 皮膚和血液 皮膚含毒量因河豚種類而異，河豚皮膚含毒量甚微或無毒。血液特別是兩塊所謂脊血塊即脾臟含有劇毒。
腸胃 胃部甚大，能吸入水或空氣，使其膨大，胃之下為腸，腸在腹腔內作二回折即達肛門，胃和腸也有毒，但毒性比卵巢及肝臟小得多。
肌肉 肌肉可視為無毒，所以只要挖去河豚的內臟，再剝去皮，洗得乾淨，是不會有毒的。但河豚死後較久，內臟的毒素溶在體液中，時間一久，可以滲入肌肉，不可不防。特別是製作魚片(魚生)，用2%-5%鹼液浸洗，更加安全。
