1、與化膿性椎間盤炎的鑑別：化膿性椎間盤炎臨床上可有腰痛，發熱，白細胞升高等感染的表現，發病較急，CT 片上較早出現椎間隙狹窄，骨破壞周圍可見硬化，X線平片可見化膿性病變的硬化及吸收，膿腫多侷限於椎體兩側，鈣化較少，脊柱結核一般呈長期和隱匿性的病程，硬化改變較椎間盤炎少且程度輕。
2、與脊柱轉移瘤的鑑別：脊柱轉移瘤多見於老年人，一般有原發病灶，病變椎體破壞常呈跳躍性，附件多受累，椎間隙基本正常，椎旁無膿腫，死骨形成，病椎旁軟組織腫塊較侷限，CT 對乾酪樣物質鈣化和殘留骨片及死骨的鑑別存在一定困難，測量多個CT 值，結核乾酪樣鈣化的CT 值高於殘留骨片和死骨，可能會有所幫助。
3、與脊柱真菌感染的鑑別：椎體及椎間盤的真菌感染可能侵及臨近的肋骨頭，常提示診斷，隱球菌性骨髓炎很少發生在脊柱，而且骨髓腔蔓延及膿腫也很少顯示，在椎體骨溶解區域可顯示“肥皂泡”樣改變，其椎旁膿腫可發生在後縱韌帶下方，比結核形成的膿腫要小，棘突和肋骨頭也易受累，駝背畸形很少見。
