1. 組織選擇性好
組織選擇效應是指PDT能在光照區域內較特異地作用於靶組織、靶細胞的現象。這是光動力療法最突出的優點，可以最大限度地減少重要器官的功能喪失。例如：鮮紅斑痣是一種真皮淺層毛細血管網擴張畸形，PDT在去除病變毛細血管網時可以不損傷其上的表皮層和其下的真皮深層，因此不會遺留瘢痕;採用放療和熱療方法治療膀胱粘膜的多灶性腫瘤時，由於導致肌層纖維化，經常發生膀胱容量和順應性降低的併發症，但採用PDT治療可以避免這種情況。因此PDT特別適用於重要器官的高精度治療。
2. 作用表淺
人體組織的光透射性較差。對大多數組織而言，PDT的有效作用深度很難超到10 mm。因此，PDT的主要臨床適應症是一些靶組織為“薄層”結構的疾病，如皮膚、粘膜的淺表腫瘤、鮮紅斑痣、視網膜黃斑變性、動脈粥樣硬化和牛皮癬等疾病。對於深部腫瘤或瘤體較大的腫瘤，必須通過特殊的照射方法加以解決。
3. 對微血管組織的損傷作用強
血管內皮細胞直接接觸血流，細胞表面積大，對光敏劑吸收迅速，在光動力反應中消耗的光敏劑和氧可以得到快速補充，血液中產生的1O2也可以直接損傷內皮細胞膜，所以PDT對微血管組織的選擇性好，作用強。因此PDT特別適用於微血管疾病的治療，如鮮紅斑痣、視網膜黃斑變性、食道靜脈曲張栓塞治療後遺留的微血管等疾病;同時也適用於通過破壞微血管可以實現治療目的的疾病，如腫瘤。
4. 是一種局部治療方法
PDT的治療作用僅限於光照範圍內，故只適用於病變範圍侷限的疾病。例如，PDT具有抗病毒作用，但它只能用於局部病毒感染，如乳頭狀瘤。
5. 全身副作反應少
由於PDT是一種局部治療方法，無明顯的全身副作反應，所以特別適用於一般情況差、不能耐受其它治療方法的患者，並且可以多次重複使用。
