光動力學療法的優點不同於傳統的手術、放療和化療三大治療腫瘤手段，它對靶組織及損傷程度都具有可選擇性，可減少對正常組織的損傷。與手術、化療、放療等常規治療手段相比，光動力學療法有如下重要優點：
(1)創傷很小：藉助光纖、內窺鏡和其他介入技術，可將激光引導到體內深部進行治療，避免了開胸、開腹等手術造成的創傷和痛苦。
(2)毒性低微：進入組織的光敏藥物，只有達到一定濃度並受到足量光照射，才會引發光動力學反應而殺傷腫瘤細胞，是一種局部治療的方法。人體未受到光照射的部分，並不產生這種反應，人體其他部位的器官和組織都不受損傷，也不影響造血功能，因此光動力療法的毒副作用是很低微的。
(3)選擇性好：光動力療法的主要攻擊目標是光照區的病變組織，對病灶周邊的正常組織損傷輕微，這種選擇性的殺傷作用是許多其他治療手段難以實現的。
(4)適用性好：光動力療法對不同細胞類型的癌組織都有效，適用範圍廣;而不同細胞類型的癌組織對放療、化療的敏感性可有較大的差異，應用受到限制。
(5)可重複治療：癌細胞對光敏藥物無耐藥性，病人也不會因多次光動力治療而增加毒性反應，所以可以重複治療。
(6)可姑息治療：對晚期腫瘤患者，或因高齡、心肺肝腎功能不全、血友病而不能接受手術治療的腫瘤患者，光動力療法是一種能有效減輕痛苦、提高生活質量、延長生命的姑息性治療手段。
(7)可協同手術提高療效：對某些腫瘤，先進行外科切除，再施以光動力治療，可進一步消滅殘留的癌細胞，減少復發機會，提高手術的徹底性;對另一些腫瘤，有可能先做光動力治療，使腫瘤縮小後再切除，擴大手術的適應證，提高手術的成功率。
(8)可消滅隱性癌病灶：臨床上有些腫瘤，如膀胱移行細胞癌，在主病灶外可能有散在的肉眼看不見的微小癌巢，常規治療手段只能去除主病灶，對隱性癌巢無能為力，但用光動力療法採取全膀胱充盈後表面照射的方法，消滅可能存在的所有微小病變，從而大大減少腫瘤復發的機會。
(9)可保護容貌及重要器官功能：對於顏面部的皮膚癌、口腔癌、陰莖癌、宮頸癌、視網膜母細胞瘤等，應用光動力療法有可能在有效殺傷癌組織的情況下，儘可能減少對發病器官上皮結構和膠原支架的損傷，使創面癒合後容貌少受影響、保持器官外形完整和正常的生理功能。
