與手術、化療、放療等常規治療手段相比，光動力治療具有許多重要的優點：
(1)療效確切：由於治療過程基於較強的藥物定位效應，光化學作用可以在630nm激光照射時作用於所有靶向細胞，並能同時增強機體免疫系統對病變細胞的抵抗力，所以治療徹底、複發率低，對多數早期癌症可達到根治目的。
(2)創傷很小：藉助光纖、內窺鏡和其他介入技術，可將激光引導到體內深部進行治療，避免了開胸、開腹等手術造成的創傷和痛苦。
(3)毒性低微：進入組織的光敏藥物，只有達到一定濃度並受到足量光照射，才會引發光動力學反應而殺傷靶向細胞，是一種局部治療的方法。人體未受到光照射的部分，並不產生這種反應，人體其他部位的器官和組織都不受損傷，也不影響造血功能，因此光動力療法的毒副作用是很低微的。
(4)選擇性好：光動力療法的主要攻擊目標是光照區的病變組織，對病灶周邊的正常組織損傷輕微，這種選擇性的殺傷作用是許多其他治療手段難以實現的。
(5)適用性好：光動力療法對不同細胞類型的病灶組織都有效，適用範圍廣;而不同細胞類型的病灶組織對放療、化療的敏感性可有較大的差異，應用受到限制。
(7)可重複治療：靶向細胞對光敏藥物無耐藥性，病人也不會因多次光動力治療而增加毒性反應，所以可以重複治療。
(8)可協同手術提高療效：對於尖銳溼疣患者，疣體過大時，需要使用激光、冷凍等方法去除大疣體之後，再進行光動力治療。由此臨床醫生總結出三階段療法。
(9)可消滅隱性病灶：臨床上有些疾病如尖銳溼疣，在主病灶外可能有散在的肉眼看不見的微小亞臨床和潛伏感染，常規治療手段只能去除顯性病灶，對隱性病灶無能為力，但用光動力療法後表面照射的方法，消滅可能存在的所有微小病變，從而大大減少復發的機會。
(10)可保護容貌及重要器官功能：對於顏面部的皮膚癌、口腔癌、陰莖癌、宮頸癌、視網膜母細胞瘤等，應用光動力療法有可能在有效殺傷癌組織的情況下，儘可能減少對發病器官上皮結構和膠原支架的損傷，使創面癒合後容貌少受影響、保持器官外形完整和正常的生理功能。生殖器尖銳溼疣不能使用激光、冷凍等物理方法，必須使用艾拉光動力才可以做。
