肛痿的原因多為一般性化膿感染，少數為結核性，克羅恩病、潰瘍性結腸炎、惡性腫瘤、肛管外傷等也可形成肛瘻。大多數肛痿起自肛管直腸周圍膿腫，當膿腫自行破潰或切開引流處成為外口;膿腫縮小，形成感染性管道，其原發病灶成為感染源不斷進入管道內口，因此經久不愈。外口皮膚生長較快，常常假性癒合，以致又破潰，反覆發作。
肛瘻的分類
1.肛管括約肌間型
瘻管只穿過肛管內括約肌。外口常只有一個，距肛緣較近。
2.經肛管括約肌型
瘻管穿過肛管內括約肌、外括約肌淺都和深部之間，外口常有多個，並有支管互相溝通。
3.肛管括約肌上型
為高位肛瘻，瘻管向上穿過肛提肌，然後向下至坐骨直腸窩，穿透皮膚。因瘻管常累及肛管直腸環，故治療困難，需分期手術才不致造成肛門失禁。
4.肛管括約肌外型
少見，瘻管穿過肛提肌直接與直腸相通，這類肛瘻常因克羅恩病、腸癌或外傷引起。
