蠅蛆病的主要症狀表現在蠅蛆對宿主或患者的機械刺激。蠅蛆身體表面的毛，鉤，刺，移行等會刺激宿主的體壁。患者會感到身體裡某部位有刺，痛，癢，異物感，移行感等。
比如鼻蛆病患者會打噴嚏，鼻內異物感。泌尿生殖道蠅蛆病患者會感到下腹，尿道，陰道內有刺痛感，移行感，尿頻，尿急，尿痛等。皮蛆病患者會感到皮下錐痛，皮下有移行感，皮下甚至可見蠅蛆移行後留下的隧道。另外蠅蛆體表帶有細菌，可能引起感染。
引起鼻蛆病的蠅蛆可能會通過鼻竇進入顱腔，造成嚴重後果，甚至引起死亡。
引起眼蠅蛆病的蠅蛆可能會進入眼球內部，破壞眼內組織，造成失明。一些蠅蛆會以宿主身體組織為食，如螺旋錐蠅的蠅蛆。造成的後果嚴重，甚至是死亡。
