肺囊性纖維化常會出現囊性支氣管擴張，所以需和一些引起囊性支氣管擴張的疾病鑑別，囊性支氣管擴張是複發性或慢性感染的併發症，其表現可類似多發性空洞，但不是真正的空洞，而是多發性支氣管擴張伴有囊狀腔隙的表現。
1.丙種球蛋白缺乏症
該患者易於發生複發性細菌感染，繼發氣道阻塞和囊性支氣管擴張，有時和肺囊性纖維化不易鑑別，但該患者血中丙種球蛋白明顯減少或缺乏，且汗液中無高濃度的NaCl存在，因此可以鑑別。
2.複發性細菌性肺炎
反覆發作時可以造成支氣管擴張，早期這種支氣管擴張可呈圓柱形，並且是可逆的，但在多次肺炎發作後，由於支氣管損害可發展成靜脈曲張狀或囊性支氣管擴張，位於下葉是其特點。用高分辨率CT(HRCT)可取代支氣管造影而獲得診斷。
3.過敏性支氣管肺麴菌病
發生哮喘時可伴有支氣管囊狀擴張，但一般此病發病年齡較晚，無家族遺傳史，纖維支氣管鏡檢查可找到麴菌絲，糖皮質激素可治癒。
4.結核性支氣管擴張症
結核是囊狀支氣管擴張症的另一原因，在長期結核菌感染後，在肺尖及全肺可發生空洞，這些透明區除了壞死性空洞外，還必須考慮有支氣管擴張，尤其是囊狀支氣管擴張症，但結核引起的支氣管擴張一般有中毒症狀，如低熱、盜汗等，痰中可找到結核桿菌。
