早期生殖器潰瘍與肛門病損害應與軟下疳及梅毒的硬下疳和扁平溼疣鑑別：慢性潰瘍或瘢痕性病變應與性病性淋巴肉芽腫鑑別。
1.硬下疳 似早期的腹股溝肉芽腫，可根據暗視野顯微鏡檢查及梅毒血清試驗加以區別。
2.性病性淋巴肉芽腫 與腹股溝肉芽腫不同之處為性病性淋巴肉芽腫主要表現疼痛性橫痃，其病原體為沙眼衣原體。
3.軟下疳 軟下疳發病急，潛伏期2～5天，常多發，潰瘍疼痛，腹股溝有痛性橫痃，病程短，病原體為杜克雷嗜血桿菌，可以培養鑑定(表1)。
4.生殖器皰疹 與腹股溝肉芽腫不同，生殖器皰疹初起為多個小水皰，很快破潰成為淺表糜爛或潰瘍，局部淋巴結可增大，其病原體為單純皰疹病毒(表2)。
5.尖銳溼疣 肛周的腹股溝肉芽腫可誤診為尖銳溼疣，但組織塗片查到杜諾凡小體時可確診。
6.陰莖、外陰、宮頸癌 一般做活檢或手術後組織學檢查可以鑑別。注意腹股溝肉芽腫有真皮高密度的細胞浸潤，形成小膿腫，較多的漿細胞，以及巨噬細胞內的杜諾凡小體等特點。鑑別困難時可試用腹股溝肉芽腫治療。
7.皮膚利什曼病(東方癤) 腹股溝肉芽腫發生在生殖器以外時，需要與東方癤鑑別，後者可破潰形成潰瘍，癒合較慢，其病原體為熱帶利什曼原蟲，組織病理學檢查細胞內外可見較大的圓形或橢圓形利什曼-杜諾凡小體(LD小體)，應和別針狀的杜諾凡小體區別。
