隨著地理位置南移，江河中的溫帶魚類越來越多，冷水性魚類則逐漸減少。遼河水系約有魚類70種，其上游尚有北方種類;黃河水系約有140種，長江水系約有300種，二者的冷水魚類極少，除常見的青、草、鰱、鱅、鯿、魴、䲘、赤眼鱒、胭脂魚等重要經濟魚類外，還有鰣魚等特有種。
黃河、長江水系的上游和西北高原的一些河流，由於地形的原因，魚的種類很是特殊，如鯉科的裂腹魚屬有13種，裸裂尻魚屬有8種。本地特有種有花斑裸鯉、新疆重唇角、中華鋸倒刺䰾及白甲魚等。
珠江水系的魚類資源豐富，共約260餘種，除全國廣佈種外，還有一些特殊類型的魚，如波魚屬、大海鰱等，華南地區特有的種屬如鯪魚、傜山魚、四須盤、直口鯪、唐魚 、華南鯉等。
我國西南部的高原河流，如雅魯藏布江、怒江、瀾滄江、金沙江等，許多地段水流湍急，魚類資源一般。如鯉科的野鯪屬、東坡鯉屬、鯪屬等，鰍科的平鰭鰍屬、沙鰍屬、科的外口鮡屬等，這些都與印度、緬甸、越南、泰國的種類相同。另外裂腹魚屬、裸裂尻魚屬，巴鰍屬都與西北高原的種類相同。
