1、先天的發育不良。這個原因也是造成多囊腎發病的一個很主要的原因之一。由先天發育不良可產生多種疾病，對於囊腫性腎病而言，主要可造成髓質海綿腎、發育不良性多囊腎病等，先天發育異常的基因一般沒有異常，因此它與基因遺傳或基因突變是有區別的。預防多囊腎、防止多囊腎病情惡化需要多囊腎病人本人加強防範。
2、各種感染。感染也是能夠造成多囊腎的一個非常重要的原因，感染可使機體內環境發生異常變化，從而產生有利於囊腫基因發生變化的環境條件，使囊腫的內部因素活性增強，這樣便可促進囊腫的生成、長大;而身體任何部位的任何感染，又會通過血液進入腎臟從而影響囊腫，因此，有效的預防感染的發生就顯得非常重要了。
3、毒素。多囊腎的發病也是跟毒素的影響有很大的關係的，毒素作用於人體，可使各種細胞組織器官造成損傷，從而發生疾病，甚至危及生命，並且也是產生基因突變、先天發育異常等現象的主要原因之一。常見的毒素諸如農約、某些化學約劑、放射線、汙染等等。對於一些可以造成多囊腎發病的因素，最好還是要遠離。
