目前尚無任何方法可以阻止疾病的發展。早期發現，防止併發症的發生與發展，及時正確地治療已出現的併發症至關重要。
1.一般治療一般情況下，病人檢查出多囊腎後，首先要保持樂觀的心態，如果尚未對病人正常生活造成影響的，平時需注意不要或少吃過鹹、辣等刺激性的食物，作息時間要規律，情緒要平穩樂觀;如果對病人正常生活造成影響的，平時要注意以上幾條，還要進行治療，而且越早越好，否則任其發展到腎功能衰竭尿毒症，為時已晚。
2.囊腫去頂減壓術此手術減輕了囊腫對腎實質的壓迫，保護了大多數剩餘腎單位免遭擠壓和進一步損害，使腎缺血狀況有所改善，部分腎功能單位得到恢復，延緩了疾病的發展。手術成功的關鍵是儘可能早施行手術，囊腫減壓必須徹底，不放棄小囊腫和深層囊腫的減壓。雙側均應手術，一般雙側手術的間隔時間為半年以上。晚期病例如已有腎功能損害處於氮質血癥、尿毒症期，不論是否合併有高血壓，減壓治療已無意義，手術打擊反可加重病情。
3.中藥治療目前中醫在治療多囊腎方面採取保守治療(服用中藥)，效果甚好。中醫採用整體觀念和辨證論治，認為多囊腎是外因和內因共同作用的結果，通過梯級導流，逐步讓囊腫液體排出，達到使囊腫逐步縮小的目的。雖然目前中醫也不能攻克基因問題，但是保守治療的效果是西醫無法比擬的，並且基本無毒副作用，不易復發。
4.透析與移植進入終末期腎功能衰竭時，應立即予以透析治療，首選血液透析。多囊腎的腎移植生存率與其他原因而施術者相仿，但因同時伴發的疾病，增加了術後處理的困難，影響移植效果。
5.血尿的治療出現血尿時，除儘快明確原因給予治療外，應減少活動或臥床休息。已透析或即將透析患者，如反覆發生嚴重而無法控制的血尿，可考慮採用經導管腎動脈栓塞術。
6.感染的治療腎實質感染和囊腫內感染是本病主要併發症，一般以聯合應用抗生素為原則。
