1、甲狀腺機能亢進症
臨床上將甲狀腺機能亢進症誤診為病毒性心肌炎者屢見不鮮。如果剛好發病前有上呼吸道感染史，更難以鑑別。甲亢病人心率較快，自覺心悸、胸悶，但此類病人往往多汗易怒，體重下降，手震顫陽性。臨床查甲狀腺功能可確診。按甲亢治療有效。值得一提的是甲亢病人多伴有心臟改變，臨床增加誤診率。
2、β—受體功能亢進綜合徵
臨床將β—受體功能亢進症誤診為病毒性心肌炎者最為常見，尤其在基層醫院。本病以年輕女性多見，常因心悸氣促、陣發性胸悶、胸痛就診，心率較常人稍快，追問病史多與情緒刺激有關，與勞力無關。每次發作持續數小時，伴有嘆息等症狀，查超聲心動圖無異常發現，應用β—受體阻滯劑效果良好。
3、二尖瓣脫垂綜合徵
臨床上二尖瓣脫垂綜合徵可出現心悸、胸悶、胸痛，甚至伴有各種心律失常，心電圖可出現ST-T異常，因而易誤診為病毒性心肌炎。本病心臟雜音較明顯。臨床超聲心動圖以及心肌壞死標誌物有助鑑別診斷。
4、不明原因的心律失常
臨床上很多心律失常如房性期前收縮，室性期前收縮找不到具體原因，如果剛好上呼吸道感染後出現，容易誤診為病毒性心肌炎。對此類病人要進一步觀察，檢查心電圖和心肌損害標誌物，不要隨意下病毒性心肌炎診斷。
