1 會陰部尿道瘻：這種瘻管是尿道球部與皮膚相通的瘻管，常在泌尿生殖三角區內，排尿時尿液從瘻管內流出。
2 先天性瘻管：由破裂的骶尾部囊腫形成，主要的外口常在臀溝的中點，靠近尾骨的頂端，瘻管內可見毛髮，從胚胎開始發生。
3 骶尾部瘻管：常由臀部受傷引起，如擊打、踢打、擦傷等，在骶尾部形成膿腫，導致瘻管。
4 肛周化膿性汗腺炎 這是最容易被誤診為肛瘻的肛周皮膚病，因為其主要特徵是在肛周形成膿腫和遺留竇道，竇道處常有隆起和膿液，並有多個外口，所以容易被誤診為多發性或複雜性肛瘻。肛周化膿性汗腺炎的病變在皮膚和皮下組織，病變廣泛，可有許多竇道開口，呈結節狀或 不同的是，肛周化膿性汗腺炎病變廣泛，可有許多竇道開口，呈結節狀或瀰漫狀，但竇道較淺，不與直腸相通，竇道切開後無膿液或瘻管，無內口。
5 骨盆骨髓炎 由化膿性或結核性病變引起的骨盆骨髓炎，在會陰部常有竇道，與肛瘻的外口非常相似，但前者無內口，X線檢查顯示骨盆內有病變。
6 骶骨前瘻 由骶骨和直腸之間的膿腫穿透尾骨附近形成，瘻管位於骶骨凹陷處，外口常位於尾骨尖的兩側，探頭可穿透8到10釐米，瘻管與直腸平行。
7 骶尾部骨結核發展緩慢，無紅、腫、痛等急性炎症改變，破裂後滲出稀薄膿液，外口大，邊緣不平整，持續存在，X線片顯示骶尾部有骨質損傷和結核性病變。
8 骶尾部畸胎瘤 破裂後可形成尾部前瘻或直腸內瘻。大的畸胎瘤可從骶尾部突出，容易診斷；無症狀的小腫瘤可在直腸後部發現光滑的分葉狀腫塊，X光片顯示骶尾部和直腸之間的腫塊，有不確定的散在的鈣化陰影，可見骨或牙齒。
9 晚期肛門直腸癌 破裂後可形成肛門瘻，特點是腫塊堅硬，有膿血排出，有臭味，可通過病理切片證實。
