普通感冒、流行性感冒(流感)、一般細菌性肺炎、軍團菌性肺炎、支原體肺炎、衣原體肺炎、真菌性肺炎、艾滋病和其他免疫抑制(器官移植術後等)患者合併肺部感染、一般病毒性肺炎是需要與SARS進行鑑別的重點疾病。
其他需要鑑別的疾病還包括肺結核、流行性出血熱、肺部腫瘤、非感染性間質性肺疾病、肺水腫、肺不張、肺栓塞、肺血管炎、肺嗜酸粒細胞浸潤等。
對於有與SARS類似的臨床症候群的病例，若地進行抗菌治療後無明顯效果，有助於排除細菌或支原體、衣原體性肺部感染。
附：流感與SARS的鑑別診斷要點
流行病學特點：流感於冬春季節高發，傳播快，通過空氣飛沫及接觸呼吸道分泌物傳播。潛伏期1-3天，潛伏期末即有傳染性，病初2-3天傳染性最強。暴發流行時常有先學校、後居民區的特點。小兒和老人易併發肺炎。
症狀和體徵特點：流感起病急，常以高熱起病，全身症狀重而呼吸道症狀相對較輕，表現為頭痛、乏力、全身痠痛。體溫可達39-40℃，2～3天后體溫可消退，但流涕、鼻塞等卡他症狀及咽痛、咳嗽轉為顯著。部分嚴重患者可出現呼吸困難，發紺。少數患者可有噁心、便秘或腹瀉等輕度消化道症狀。查體呈急性病容，面頰潮紅，眼結膜輕度充血、眼球壓痛，咽充血，口腔黏膜可有皰疹，肺部聽診很少有溼性羅音。
