更年期是由卵巢衰退引起的下丘腦-垂體-卵巢相互控制失調造成的一個轉折時期。先是卵巢的卵泡分泌量不足以抑制下丘腦功能和腦垂體產生促卵泡激素所需的量，下丘腦又不能分泌足夠的促黃體生成素釋放因子，因而垂體產生的促黃體生成素達不到波峰，不足以使卵泡由成熟到排卵。
過多的促卵泡激素使卵泡不斷增大形成卵泡囊腫，不向成熟卵泡轉變，中途夭折的閉鎖卵泡增多，它們也分泌少量雌激素。這些雌激素積聚一起，持續作用於子宮內膜，使子宮內膜增生過長，但缺乏排卵後的黃體，也就沒有黃體酮(或稱助孕素)的形成，以致增生期的子宮內膜不能轉變為分泌期的子宮內膜。子宮內膜既失去助孕的能力，又不能自然全部脫落，因而不能形成有自控過程的月經。
增生過長的子宮內膜受過量雌激素的影響，常呈不規則部分脫落，而表現為不規則出血。由於不是全部脫落，子宮內膜缺乏有規律的更新過程，故而月經有時淋漓數月;有時閉經一個時期，然後大出血;更多的情況是經過相當時間後，偶然一個卵泡由成熟達到排卵，於是子宮內膜可以自然全部脫落，形成一次正常月經，這時經量往往比較多。當然這種偶然排卵的機會越來越少，月經越來越稀，最後停止而絕經。這和青春期的功能失調性月經，隨著卵巢的日趨成熟而自然調整成為規律月經的機制恰恰是相反的，因為更年期的月經是卵巢衰退過程的必然結果。
更年期的功能失調性子宮出血，與生育年齡婦女因精神因素、營養不良或其它疾病引起的功能失調性子宮出血也不完全相同，後者的出血可在這些因素消除後恢復為正常月經。
