一、黃疸前期 多數起病緩慢，可有畏寒發熱，主要症狀為乏力、食慾減退、噁心嘔吐、肝區脹痛、腹脹、便秘或腹瀉等。某些病例有明顯的上呼吸道症狀，類似感冒。本期體徵不顯著，部分病例有淺表淋巴結腫大。於本期末小便顏色加深，繼而鞏膜及皮膚先後出現黃染。
二、黃疸期 鞏膜、皮膚出現黃染，約1周左右達高峰，部分病人短期內可出現肝內梗阻性黃疸的臨床表現，黃疸日益加深，皮膚搔癢，大便呈淡灰白色，肝多腫大，質地充實有壓痛、叩擊痛。約10%的病人脾腫大。肝功能檢查有明顯異常，本期病程2～6周左右。
三、恢復期 此時黃疸和其他症狀逐漸消退，精神食慾明顯好轉，肝脾逐漸回縮，肝功能漸趨正常。有些病人口苦、肝區痛、腰背痠困、腹脹等症狀遷延較久。本期病程2～16周，平均一個月左右。
有人觀察有部分甲型肝炎患者在急性期病情恢復後，可再次出現病情復發(黃疸和轉氨酶升高)，少數患者呈慢性經過。有報道病程遷延達1年之久，黃疸持續時間最長達33個月。
