1、鈣性結石
小兒尿石症中最常見的是草酸鈣，可能找不出任何原因，也可能併發於高鈣血癥，如甲狀旁腺功能亢進、類肉瘤病、長期臥床、維生素D過高等。血鈣正常而有高尿鈣症可見於給速尿(在新生兒可形成結石)或未能控制的遠端腎小管酸中毒、完全胃腸道外營養或鹼中毒。在絕大多數病人，高尿鈣症導致結石形成是原因不明。有時小兒有高尿鈣症在第一塊結石檢出以前常已有數年的反覆肉眼血尿及腰痛，故小兒有反覆肉眼血尿時須檢查尿鈣量。正常的最高限度是4mg/(kg·24h)或尿鈣/肌酐比值大於0.25。草酸鈣結石可發生於患小腸病變及腸道吸收障礙的小兒，因結腸再吸收過多的草酸鹽所致。原發性高草酸尿症常始於4～5歲前可形成腎結石及腎鈣化，呈進行性病程以致發生腎衰。
2、胱氨酸結石
胱氨酸結石約佔泌尿繫結石的1%，是先天遺傳性的腎小管功能缺陷性疾病。因腎小管對胱氨酸、賴氨酸、精氨酸和鳥氨酸的重吸收不良，以致尿內的濃度過高，僅胱氨酸能形成結石。
3、感染性結石
能分解尿素的細菌(如革蘭陽性的變形桿菌、綠膿桿菌和克來白氏桿菌)所引起的泌尿系感染造成尿鹼化及產生過多的氨導致積墜成磷酸鈣胺和磷酸鈣結石。該結石作用以異物引起梗阻，結石也常與細菌密切相關致使持續出現尿路感染。患者有感染性結石也可有代謝異常故易罹患結石。
4、尿酸結石
尿酸結石約佔泌尿繫結石的5%至10%。尿高尿酸、尿量少和持久性酸性尿是促進尿酸結石形成的因素。結石是透X線的，如尿持續酸性並有尿酸鹽結晶應考慮尿酸結石。
