消化系統疾病及功能紊亂:如腹脹、腹瀉或便秘等情況。
內分泌變化:有些女性患者往往在月經期發生,可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍,用藥治療只能暫時緩解,下月行經時依然如故地出現,疼痛難忍,與此同時,還常伴有口乾、心煩、易怒和大便乾結等令人煩惱的症狀。臨床研究發現,月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
精神因素:有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病,可能與植物神經功能失調有關。
遺傳因素:如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時,其子女約有80—90%患病,若雙親之一患此病時,其子女約有50—60%患病。
其他因素:如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養不良等,可降低免疫功能,增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。