1、精神因素
有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。而現代人生活緊張、精神壓力大，口腔潰瘍也成為一種因生活形態導致的“文明病”，事實上，根據醫生的臨床觀察，口腔潰瘍患者有許多是在過度疲勞後發病的。
2、遺傳因素
如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80~90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50~60%患病。
3、病毒感染是病原
最近醫學界經過臨床及免疫研究，已確定其病原為病毒感染，而導致口腔潰瘍的兩種病毒分別為人類鉅細胞病毒和ER病毒。其中人類鉅細胞病毒潛伏在血液中的T淋巴細胞，ER病毒則潛伏在血液中的B淋巴細胞，人們一旦感冒、情緒壓力大、身體疲倦或精力不足、免疫力差等，病毒就會發作。
醫學研究也發現，這類病毒屬於原發性病毒，人類感染後即存在體內，藏在表皮下的血管中，並在細胞核中繁殖。當身體免疫系統異常時，如感冒會激活潛伏在體內的病毒，這些病毒會特別活躍，潰瘍也會明顯惡化。
4、消化系統疾病及功能紊亂
患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、侷限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%~48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
5、內分泌變化
荷爾蒙的改變引起口腔潰瘍，尤其是女性經期和更年期。女性患者往往在月經期長口瘡，可能與體內雌激素量下降有關。另外一些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口乾、心煩、易怒和大便乾結等令人煩惱的症狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
6、食物不耐受
如果口腔潰瘍反覆發作，持續數年甚至十幾年未愈，非常有可能與食物不耐受有關。
食物不耐受指的是一種複雜的變態反應性疾病，人的免疫系統把進入人體內的某種或多種食物當成有害物質，從而針對這些物質產生過度的保護性免疫反應，產生食物特異性IgG抗體，IgG抗體與食物顆粒形成免疫複合物(Ⅲ型變態反應)，可引起所有組織(包括血管)發生炎症反應，並表現為全身各系統的症狀與疾病。YORK營養學實驗室曾經做過一項研究，他們對2567個懷疑有食物不耐受的英國人進行了調查研究，有44%的人出現慢性腹瀉、腹痛、潰瘍、消化不良。其中潰瘍的最主要表現就是口腔潰瘍。
7、其他因素
如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營養不良等，可降低免疫功能，增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發口腔潰瘍。微循環障礙致血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發生有一定相關性。有報道稱戒菸亦可誘發口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉(SLS)可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。
