1.慢性疲勞綜合徵對人體生理功能方面的危害
(1)對人體體能、體態方面的危害：慢性疲勞綜合徵能夠大大損傷人體的體力、體能，使人感到疲憊、乏力，身體失衡，其主要原因除了身體的整體肌力不足(乏力)之外，整體活動的協調不足(不靈)也是重要的一個方面。基於上述兩點，可以導致慢性疲勞綜合徵的患者行動遲緩，步態沉重，步幅縮小，動作失靈，久立不穩，疲乏無力，腰痠腿軟，肌力減退。難以從事或完成某些消耗體力較大及動作細膩、精巧的工作，致使患者深感力不從心。慢性疲勞綜合徵對人體體能影響的另一方面表現為對容顏與體態的危害：多種情況下，長期的慢性疲勞可使患者面色無華，脫髮斷髮，皺紋早現，面肌鬆弛;有的還可出現面部色斑。明顯呈現出未老先衰之徵象。
(2)對人體免疫系統的危害：免疫系統健全與否是健康的重要標誌之一。慢性疲勞綜合徵的存在，必然會使人體的免疫系統功能與調節失常，乃至引起免疫功能低下。免疫功能不足，削弱了機體的抗病能力，破壞了防禦疾病的天然屏障，為各種各樣疾病的發生打開了通路，患病的機會必將大大增加。
(3)對人體循環系統的危害：慢性疲勞綜合徵造成的機體萎靡狀態，活動減少，血流緩慢，血液沉滯，可導致心血管系統發生程度不同的病變，患者常常感覺心悸、氣喘，活動後尤為顯著，時常嘆息。體格檢查時可以發現血壓不穩(偏高或偏低)，心率較快，甚至可以出現心律不齊(多為竇性)。
(4)對人體神經系統的危害：慢性疲勞綜合徵對神經系統的危害主要累及中樞神經系統，多由於腦部血液供應不足所引起的組織乏氧所致，常表現為“腦疲勞”症狀，如記憶力下降，注意力不集中，頭腦不清爽，反應遲鈍，頭暈頭痛。有時還可以出現某些精神症狀，如憂鬱、焦慮、煩躁、易激動、缺涵養等。這類病人常可進一步影響睡眠，出現失眠(入睡困難，或睡眠不深，中間早醒等)多夢、夜驚等。睡眠不足，又可以導致腦疲勞，如此反覆，形成惡性循環，致使症狀不斷加重，難以治癒，十分痛苦。
(5)對人體消化系統的危害：慢性疲勞綜合徵的病人，由於神經系統與心血管系統受累，必然導致胃腸道血液淤滯，蠕動減弱，功能受損。表現為食慾不振、胃納不佳、脹滿少飢，偏食，厭油，噁心等。有的患者為了緩解進食不良，常採用多吃辣椒等辛辣食物，藉以刺激胃口。由於進食不佳，熱量不足，可以造成形體消瘦、營養不良，而進一步加重對各個系統的影響。
(6)對人體生殖系統的危害：慢性疲勞綜合徵患者常伴有生殖系統的功能異常。對於女性病人來說，常見的有月經不調(時間提前或錯後，經期延長，出血量過多或過少等)、性冷淡等。對男性病人而言，則多數表現為遺精、陽痿、早洩、性慾減退等。如果不能及時調治，很可能有引發不孕或不育的發生。因為生殖系統功能障礙多屬於中醫腎精虧損之範疇，所以會伴隨出現腰痠腿軟、頭暈耳鳴、失眠多夢、記憶力下降等症狀。
(7)對人體感官系統的危害：慢性疲勞綜合徵患者由於全身若干系統受累，功能低下，特別是神經與內分泌系統的變化，常可導致感官系統的異常。在視覺器官異常方面，主要表現為：眼睛脹痛，乾澀不適，視物模糊，對光敏感，視覺疲勞等;在聽覺器官異常方面，主要表現為耳鳴、聽力下降等。
2.慢性疲勞綜合徵對人體心理方面的危害
(1)對情緒方面的危害：情緒，是人受到情景刺激時，經過是否符合自己需要的判斷後，產生的行為、生理變化和對事物態度的主觀體驗。情緒對人的健康有很大影響。慢性疲勞綜合徵對人的情緒的危害常常表現為：情緒不穩，暴躁，易怒，焦慮，緊張，恐懼等，有時自己不覺或難以控制。這些異常情緒的存在，可以導致失眠多夢，消化不良等。
(2)對意志方面的危害：意志，是人自覺地確定目的並支配與調節其行動，克服困難達到預定目的的心理過程。意志和情緒是相互影響的，慢性疲勞綜合徵的病人，由於情緒受到影響，進一步也會導致意志的受損。致使多數表現出意志薄弱，做事不果斷，猶豫不決，瞻前顧後，缺乏信心，效率降低。有時可能對自己缺乏信心，受到一些不良刺激，不能自己解脫、自我調整，以致負擔沉重，消極自卑，放任自流，失掉控制能力，甚至可能借此養成若干不良嗜好，如過度吸菸、酗酒等;也可能產生某些不良行為，如行動過激，對人失禮，做一些與自己身份不符的事情等。
(3)對能力方面的危害：慢性疲勞綜合徵的患者常表現出某些能力低下，如做事注意力不集中，短時記憶差，難以準確理解和記憶所閱讀的內容，計算數字能力削弱，語言和推理能力減退，思維遲鈍，聯想狹隘，缺乏創新。致使工作能力明顯降低，對以往可以順利完成的工作也深感難以完成，自我責備，減少交往，逐漸孤獨等。
