脂肪肝的發病機制至今尚未明確，下列因素可能起一定的作用。
(1) 脂肪代謝異常：遊離脂肪酸輸送入肝增多，肝合成遊離脂肪酸或由碳水化物合成甘油三酯增加。
(2) 激素影響：雌激素、皮質醇、生長激素、胰高血糖素、胰島素及胰島素樣生長因子等，可能通過改變能量代謝來源而誘發脂肪肝的形成。
(3) 環境因素：飲食、營養狀態、食物汙染及肝炎病毒感染等因素與脂肪肝及其併發脂肪性肝炎、肝硬化有關。
(4) 遺傳因素：無論是酒精性或非酒精性脂肪肝，都存在一定的遺傳發病因素。
脂肪肝不是一個獨立的疾病，它是一種多病因引起肝細胞內脂質過多的病理狀態。肥胖、糖尿病、酒精中毒是脂肪肝的三大病因，並且無論單純性脂肪肝的成因如何，總有一部分患者發展為脂肪性肝炎和肝纖維化，甚至導致脂肪性肝硬化及其相關疾病。
“肥胖性脂肪肝”把含脂類主要為甘油三酯，肝活檢還證明體重超過標準體重的50%時，53%的患者有明顯的肝臟脂肪性變。
“糖尿病脂肪肝”的發病率為25%。主要由於貯脂組織中脂肪動用增加，大量釋放遊離脂肪酸，在肝臟大量合成並貯存甘油三酯，形成脂肪肝。糖尿病脂肪肝多見於成年型，且與肥胖有關。
慢性酗酒常引起酒精性脂肪肝、肝炎和肝硬化，其機制是酒精及其代謝產物乙醇對肝臟的直接毒性反應，流行病學研究表明，每日飲烈酒80-120克持續10年以上時，10%-35%的病人患有酒精性肝炎與肝硬化，90%的人可能有脂肪肝。
