臨床表現為長期慢性、或反覆發作的腹痛、腹瀉及消化不良等症，重者可有黏液便或水樣便。腹瀉程度輕重不一，輕者每日排便3～4次，或腹瀉便秘交替出現;重者可每1～2小時一次，甚至出現大便失禁。部分患者可有夜間腹瀉和(或)餐後腹瀉。直腸嚴重受累時，可出現裡急後重感。糞質多呈糊狀，混有大量黏液，常帶膿血。
慢性潰瘍型結腸炎的最初表現可有許多形式。血性腹瀉是最常見的早期症狀。其他症狀依次有腹痛、便血、體重減輕、裡急後重、嘔吐等。偶爾主要表現為關節炎，虹膜睫狀體炎，肝功能障礙和皮膚病變。發熱則相對是一個不常見的徵象，在大多數患者中本病表現為慢性、低惡性，在少數患者(約佔15%)中呈急性、災難性暴發的過程。這些患者表現為頻繁血性糞便，可多達30次/天，和高熱、腹痛。
體徵與病期和臨床表現直接相關，患者往往有體重減輕和麵色蒼白，在疾病活動期腹部檢查時結腸部位常有觸痛。可能有急腹症徵象伴發熱和腸鳴音減少，在急性發作或暴發型病例尤為明顯。中毒性巨結腸時可有腹脹、發熱和急腹症徵象。由於頻繁腹瀉，肛周皮膚可有擦傷、剝脫。還可發生肛周炎症如肛裂或肛瘻。直腸指檢感疼痛。皮膚、黏膜、舌、關節和眼部的檢查極為重要。
